Średniowiecze
W 1285 do rangi katedry został podniesiony pierwszy kościół parafialny w Kwidzynie. Obecny kościół św. Jana Ewangelisty był budowany od ok. 1325 roku, jako katedra diecezji pomezańskiej i miejski kościół farny. Budowę ukończono w II połowie XIV w. Katedra od początku stanowiła jeden kompleks budynków w połączeniu z warownym zamkiem kapituły pomezańskiej.
Kościół jest budowlą gotycką, ceglaną, orientowaną. Składa się z pięciobocznie zamkniętego, dwukondygnacyjnego chóru (ukończonego około 1335/1340) i wydłużonego, pięcioprzęsłowego korpusu o charakterze pseudobazyliki. Prezbiterium i nawa główna kryte są sklepieniem gwiaździstym z żebrem przewodnim, nawy boczne sklepieniem trójdzielnym. Zachodnia elewacja świątyni łączyła się bezpośrednio z zamkiem kapitulnym.
Od strony południowo-zachodniej wzmocniła ją wysoka wieża, pełniąca nie tylko rolę dzwonnicy, ale też funkcje obserwacyjno-obronne jako główna wieża zamkowa (część górna pochodzi dopiero z końca XV w.). Obronne funkcje kościoła wzmacniał krużganek biegnący na poddaszu korpusu z 1384 (?) i chóru oraz dwie masywne ośmioboczne wieżyczki schodowe przy prezbiterium. Długość budowli wynosi 86 m, szerokość 25 m, wysokość nawy głównej 21 m, naw bocznych 14,5 m. Dzwonnica ma 59 m wysokości. Na południowej elewacji kościoła zachował się z tego okresu obraz mozaikowy, datowany na rok 1380, przedstawiający męczeństwo św. Jana Ewangelisty w oleju i klęczącego fundatora – bpa Jana I Möncha. Pod mozaiką widniał napis „Johannes episcopus fecit fieri hoc opus anno domini mccc 80/1380/”, zdjęty w czasie renowacji na początku XX w. i obecnie eksponowany w kościele. Twórcami mozaiki byli prawdopodobnie mistrzowie z Wenecji. We wnętrzu korpusu znajduje się wielki zespół gotyckich malowideł ściennych z przełomu XIV/XV w., całkowicie przemalowanych w XIX i XX w. Ma on formę fryzu przebiegającego wzdłuż ścian naw bocznych, pod oknami. Dalsze malowidła z tego czasu, m.in. sceny z Dzieciństwa Chrystusa odkryto niedawno w prezbiterium. Zachowały się również gotyckie płyty nagrobne. Do gotyckiego wyposażenia kościoła należała malowana szafa relikwiarzowa bł. Doroty z Mątowów, obecnie zaginiona.
W latach 1478-1479 w trakcie oblężenia Kwidzyna przez wojska polskie podczas tzw. wojny księżej, katedra została uszkodzona a sklepienie dolnej części prezbiterium (krypty) zawaliło się i nie zostało odbudowane. W 1496 bp Jan IV podpisał dokument w którym nakazał odbudowę zniszczeń. Za czasów biskupa Hioba von Dobeneck (1502-1521) powstały, zachowane do dziś, malowidła ścienne w prezbiterium, przedstawiające poczet 17 biskupów pomezańskich i 3 wielkich mistrzów krzyżackich, w tym 2 pochowanych w krypcie oraz tron biskupi rzeźbiony o formach późnogotyckich z herbem diecezji i herbem biskupa.
Okres protestancki
W latach 1525-1526 Prusy Książęce przeszły na protestantyzm co z czasem przyniosło zmiany w wyglądzie kościoła, który stracił dotychczasową rangę administracyjną. Diecezja uległa formalnej likwidacji w 1578. Wnętrze otynkowano, a prezbiterium i korpus przedzielono ścianą fachwerkową, wyznaczając w ten sposób miejsca modlitwy dla gminy niemieckiej (korpus), polskiej (prezbiterium) i okresowo czeskiej (zachodnia część korpusu).
W 1586 dokonano kolejnych zmian w kościele. Przed głównym wejściem południowym wzniesiono kruchtę z gotlandzkiego piaskowca pochodzącego prawdopodobnie z byłego zamku biskupiego. Z zabytków z tamtej epoki należy wymienić malowany tryptyk ze sceną Ukrzyżowania z 1570 (ołtarz kościoła polskiego), rzeźbiony dawny ołtarz główny z ok. 1690, ambonę „polską” z 1634, efektowne rzeźbione epitafia: Augustyna Mildego z 1602, Jerzego von Rembau z 1610 i Eilharda Menckena z 1683.
W 1705 od strony północnej została dobudowana kaplica grobowa Ottona Fryderyka von Groeben, z nagrobkiem przedstawiającym zmarłego i jego trzy kolejne małżonki (ok. 1710-1728) i z rodowymi portretami. Rzadkim zabytkiem są dwa bogato zdobione ewangelickie konfesjonały z 1716, dzieło Józefa Antoniego Krausego (Kruse), któremu przypisuje się też wystrój mauzoleum Groebenów.
W 1807, w okresie wojen napoleońskich, kościół został zamieniony na magazyn żywności i halę ćwiczeń. Budynek został zdewastowany. Dopiero w latach 1816-1817 za sprawą architekta Schroedera przeprowadzono prace modernizacyjne polegające na usunięciu ścian działowych i naprawieniu gzymsów. W 1856 został wykonany przez rzeźbiarza Henryka Medema portal kaplicy Groebenów oraz reliefy w drzwiach kaplicy wg projektu Christiana Daniela Raucha, wykonane z cynku pokrytego brązem i przedstawiające sceny z kolonialnych wypraw wojennych Groebena.
W latach 1862-1864 dokonano gruntownej modernizacji kościoła mającej na celu przywrócenie wyglądu katedry z czasów średniowiecznych. Prac tych podjął się niemiecki architekt Friedrich August Stüler. Wg jego projektu wzniesiono neogotycki ołtarz wykonany przez rzeźbiarza Kocha z Poczdamu, z rzeźbami Henryka Medema i ambonę. Obraz ołtarzowy Zmartwychwstanie namalował prof. Bernhard Plockhorst z Weimaru. Odbudowano zawalone sklepienie w prezbiterium, odsłonięto i przemalowano gotyckie malowidła ścienne. Witraże w prezbiterium są dziełem firmy Oidtmann z Lynnich koło Akwizgranu (1864) – firma istnieje do dziś.
W katedrze pochowano m.in. biskupów pomezańskich, wielkich mistrzów krzyżackich Wernera von Orseln (1330) i Ludolfa Königa (1348),bł. Dorotę z Mątowów (1394), jej spowiednika i wybitnego teologa Jana z Kwidzyna oraz Ottona Friedricha von Groeben, pierwszego pruskiego eksploratora Afryki.
U góry:
Rekonstrukcja zamku kapituły z ok. roku 1360, wg.J.Heisego (źródło: Zamki państwa krzyżackiego w dawnych Prusach)