Kościół jest budowlą gotycką, ceglaną, orientowaną. Składa się z pięciobocznie zamkniętego, dwukondygnacyjnego chóru (ukończonego około 1335/1340) i wydłużonego, pięcioprzęsłowego korpusu o charakterze pseudobazyliki. Prezbiterium i nawa główna kryte są sklepieniem gwiaździstym z żebrem przewodnim, nawy boczne sklepieniem trójdzielnym. Zachodnia elewacja świątyni łączyła się bezpośrednio z zamkiem kapitulnym.

Od strony południowo-zachodniej wzmocniła ją wysoka wieża, pełniąca nie tylko rolę dzwonnicy, ale też funkcje obserwacyjno-obronne jako główna wieża zamkowa (część górna pochodzi dopiero z końca XV w.). Obronne funkcje kościoła wzmacniał krużganek biegnący na poddaszu korpusu z 1384 (?) i chóru oraz dwie masywne ośmioboczne wieżyczki schodowe przy prezbiterium. Długość budowli wynosi 86 m, szerokość 25 m, wysokość nawy głównej 21 m, naw bocznych 14,5 m. Dzwonnica ma 59 m wysokości. Na południowej elewacji kościoła zachował się z tego okresu obraz mozaikowy, datowany na rok 1380, przedstawiający męczeństwo św. Jana Ewangelisty w oleju i klęczącego fundatora – bpa Jana I Möncha. Pod mozaiką widniał napis „Johannes episcopus fecit fieri hoc opus anno domini mccc 80/1380/”, zdjęty w czasie renowacji na początku XX w. i obecnie eksponowany w kościele. Twórcami mozaiki byli prawdopodobnie mistrzowie z Wenecji. We wnętrzu korpusu znajduje się wielki zespół gotyckich malowideł ściennych z przełomu XIV/XV w., całkowicie przemalowanych w XIX i XX w. Ma on formę fryzu przebiegającego wzdłuż ścian naw bocznych, pod oknami. Dalsze malowidła z tego czasu, m.in. sceny z Dzieciństwa Chrystusa odkryto niedawno w prezbiterium. Zachowały się również gotyckie płyty nagrobne. Do gotyckiego wyposażenia kościoła należała malowana szafa relikwiarzowa bł. Doroty z Mątowów, obecnie zaginiona.